A játék 5 évvel az első rész után játszódik, egy sokkal sötétebb korszakban, ahol a jók és a rosszak közötti egyensúly megbomlott. A Régi Köztrásaság bukása közeleg, mivel a Darth Malakkal folytatott háború mély sebeket okozott nekik. A Külső Gyűrű világai magukra maradtak, a megmaradt Köztársasági erők pedig visszavonultak a galaxis közepére, hogy mentsék ami menthető. A Sithek megkezdik háborújukat a Jedik ellen. A kevésbé védett világokat elfoglalják, így lassú, ám hatékony mozdulatokkal próbálják átvenni a hatalmat.