Qui-Gon Jinn korai történetét egy félelmetes kudarc fémjelzi, s évek kellettek hozzá, hogy a Jedi Mester túltegye magát ezen. Miután kiképzett egy Padawant, s az sikeresen Jedi lovag lett, Qui-Gon felfogadott egy következő tanítványt, akit Xanatosnak hívtak. Mint Crionnak, Telos bolygó leggazdagabb emberének a fia, Xanatos magas midi-chlorian számmal született. Miután Qui-Gon felfedezte a fiút, Crion vonakodva egyezett bele, hogy a fiát Coruscantra vigyék kiképzésre.

Xanatos nehéz tanítványnak bizonyult, aki nemesi származásával próbált hatni a többi tanulóra a Jedi Templomban. Nyilvánvaló hibáinak dacára, Xanatos ígéretes tanítványnak mutatkozott, aki mindig kereste a módját, hogy többet tanulhasson az Erőről. Végül Yoda késznek találta Xanatost a végő megmérettetésre; megkérte Qui-Gont és a tanítványát, hogy térjenek vissza a Telosra, ahol Crion könyörgött a fiának: csatlakozzon az erőihez, segítsen a bolygó irányításának átvételében. Xanatos igent mondott apja kérésére, és Qui-Gon hirtelen egy csatározásban találta magát a tanítványával egy veszélyes polgárháborúban.

Qui-Gon végül kényszerűségből megölte Criont a csatában. Xanatos, aki tanúja volt apja halálának, hirtelen mestere ellen fordult. Qui-Gon legyőzte Xanatost, de nem volt képes megölni a fiút. Xanatos elmenekült és eltűnt. Qui-Gon, Xanatos árulásától és saját kudarcától kísértve, visszautasította egy újabb padawan felvételét.

Évekkel később Qui-Gon Jinn újra találkozott Xanatosszal. Korábbi tanítványa, aki kinevezte magát az Offworld Corporation titkos vezetőjévé, megpróbálta csapdába ejteni Qui-Gont a Tatooine-on. Qui-Gon megzavarta Xanatos tervét Obi-Wan Kenobi segítségével, egy Jedi reménységgel, akit egyszer már a Jedi mester visszautasított. Xanatos megmenekült a Jedi elől, de Qui-Gon legyőzte a kudarca feletti érzéseit és elfogadta Obi-Want, mint tanítványát. Az elkövetkezendő években sok kalandon mentek keresztül együtt, míg átutazták a galaxist.

Később Mace Windu elküldte Qui-Gont és Obi-Want a Naboo rendszerbe, hogy oldjanak meg egy kereskedelmi problémát. A Kereskedelmi Szövetség droid irányító hajóján harci robotok támadták meg a Jediket, de sikerült megszökniük. Nem sokkal később a bolygó Qui-Gon megment egy különös Gungant, Jar Jar Binkst, aki örök szolgálatot ígért a Jedinek. Qui-Gon és Obi-Wan ezután Theed városába utaztak, ahol kiszabadították Amidala királynőt, és megfogadták, hogy biztonságban elkísérik a Coruscantra.

Útban a Coruscant felé, a királynőnek és a kíséretének le kellett szállni a Tatooine-ra, ahol Qui-Gon felfedezett egy fiatal fiút, Anakin Skywalkert. Megérezte a fiú szoros kötődését az Erőhöz, és azonnal felmentette Anakint a rabszolgaságból, valamint összecsapott egy különös harcossal, akit Qui-Gon Sith lordnak gondolt. Miután éppen csak megmenekült a haláltól, Qui-Gon a Coruscantra ment, hogy bemutassa Anakint a Jedi Tanácsnak. Sajnos, a Tanács nem engedélyezte, Qui-Gonnak, hogy kiképezze a fiút, mert a jövője ködösnek és bizonytalannak tűnt. Mindamellett Qui-Gon maga mellett tartotta a fiút, még az utolsó, végzetes utazásán is.

A Naboon Qui-Gon és Obi-Wan megküzdöttek Darth Maul-lal, a Sith Lorddal. Maul halálos és ravasz ellenfélnek bizonyult. Ahogy Obi-Wannal az oldalán küzdött, Qui-Gon képes volt hárítani Darth Maul csapásait, azonban a küzdelem során a Mester és a tanítványa különváltak. A Sith Lord kihasználta az előnyét, és áttörve Qui-gon védelmét, megölte a Jedi Mestert. Obi-Wan hiába sújtotta halálra a sötét harcost, már semmi sem segített Qui-Gon Jinnen. Utolsó leheletével a mester megkérte Obi-Want, hogy képezze ki Anakint, amit az ifjú tanítvány megígért. Három nappal később elhamvasztották őt a Naboon. A gyászolók közt megjelentek a Jedi Tanács tagjai, Palpatine, Naboo szenátora, Amidala királynő, Jar Jar, Obi-Wan Kenobi, Jedi lovag és ifjú tanítványa, Anakin Skywalker.